蔡元培先生葬礼结束后，中研院评议会秘书翁文灏、中研院总干事任鸿隽、前总干事朱家骅、教育部长王世杰等人经过商议，通知散落在全国各地的评议员赴重庆开会，选举新一届中研院院长人选。当时，身为评议员的蒋梦麟、傅斯年、陈寅恪、陶孟和、李济、竺可桢、李四光等人大部分都在西南大后方，他们接到通知后便先后来到了山城重庆。

因为蔡元培担任院长之前是北大的校长，加之北大在学界的地位，似乎这个院长和北大有很深的渊源。于是有人提议现任北大校长、西南联大常委蒋梦麟继任院长，但不少评议员对此不置可否。更多的人则属意于著名学者、时任驻美大使的胡适，认为院长一职非胡适莫属。

史学大家陈寅恪就是挺胡者之一。他公开宣称，此番来重庆，就是为了投胡适一票。蒋介石当时则有意于曾任国民党中央执行委员的顾孟余，他曾授意侍从室第二处主任陈布雷致中研院评议会秘书翁文灏一函，内有“盼以顾孟余为中研院院长”之语，但后因遭到诸多学人的抵制而作罢。

而当时重庆的政界、学界要人中，最热衷于此事的莫过于翁文灏、任鸿隽、朱家骅和王世杰四人了。他们暗中较劲，使出浑身解数，都想坐上中国学林掌门人这把交椅。

翁文灏是浙江宁波人，中国地质学代表人物，早年留学欧洲，获比利时天主教鲁汶大学地质学博士学位。回国后在地质研究所服务，并任教于北大、清华，当时的中国地质工作者多出其门下。翁文灏一直在学术界服务，抗战前后进入政府工作，时任国民政府经济部部长、中研院评议会秘书。

任鸿隽出生于四川垫江，早年曾在日本求学，后留学美国，获康奈尔大学文理学院学士和哥伦比亚大学化学硕士学位。任鸿隽曾发起成立了中国科学社并任首任社长，是中国现代科学事业开拓者和奠基人之一，时任中研院总干事、化学所所长。

朱家骅曾留学德国柏林大学，中研院前总干事，时任国民党中央常委兼组织部部长，是蒋介石的心腹和炙手可热的政坛明星。

王世杰是中国著名法学家，法国巴黎大学法学博士学位获得者，时任国民政府教育部部长。

从他们的简历中可以看出，这几位中研院院长的角逐者都是当时赫赫有名的精英人物。毫无疑问，这几人也都是热门人选。

1940年3月23日，中研院评议会开幕，对院长人选进行无记名投票。会议主.席由王世杰担任，为避嫌考虑，他放弃了投票权利。最终投票结果是翁文灏24票，朱家骅24票，胡适20票，李四光6票，王世杰4票，任鸿隽4票。

按照章程规定，得票最多之三人上报国民政府，由政府圈定院长人选。于是评议会将翁文灏、朱家骅和胡适三人呈报国民政府定夺。

胡适在当时学界具有很高的威望，是蔡元培先生最理想的继承人，但他所担任的驻美大使也是个重要职务，承担着联系海外、宣传中国抗战的重要使命。也就是说，胡适的二十票反映的并非是真实情况，因为一些支持胡适当院长的人，也不愿意他此时回国。

正如胡适的好友、中研院评议员陈西滢在致胡适的信中所说：“我认为中央研究院院长，最适合的人选当然是你，但是你现在在美国的使命太重要，不能回来也是事实。我与一部分朋友至今仍认为你是蔡先生唯一的继承人，但又不愿意你在此时离开美国，所以不知道自己希望的是哪一样。”

前边提到过，正在驻美国大使任上的胡适，曾因此事引起很大一场误解，后来蒋介石亲自打电报澄清。

胡适既已排除在外，那么只需在翁文灏和朱家骅两人之间选择即可。但不知出于何种考虑，蒋介石却迟迟未能做出选择，直到9月18日，才最终决定由朱家骅代理中研院院长。

朱家骅本是评议会推选的三名正式院长候选人之一，最后却戴上了个“代理院长”的帽子，心中自然不快，但又不好发作。至于蒋介石为何如此，众说纷纭。有人猜测可能蒋心中最理想的人选就是胡适，之所以让朱家骅暂代，就是欲虚位以待——十几年后的1958年，胡适果然从朱家骅手中接任中研院院长。也许，这才是当年那场院长争夺战的收场。

对于蒋介石的这一任命，胡适开始是坚辞不就。但是到了12月份，病中的胡适毅然接受了此任命，胡适的遽然转身，令人耐人寻味。从胡适先生秘书胡颂平先生主编《胡适之先生晚年谈话记录》和《胡适之先生年谱长编初稿补编》可以窥见，与竞选中研院院长的张其昀有关。