再说，1200万元在庚子赔款中所占比例虽然不大，但它的意义却不小。第一，它保证了清华的资金来源，为该校聚集了一批杰出的教授（当年北京各大学经常欠薪，只有清华是个例外），也为中国培养了一大批优秀人才；第二，它比其他国家先走一步，后来英国、日本、法国、苏俄等国相继退还庚款，显然与此有关；第三，它为我国教育文化事业的独立提供了一种模式和可能，这有利于中国的改革进程。
然而，过去我们对这件事的评价却很糟糕。50年代初，吴晗、廖沫沙编过一本书，在谈到“美帝退还庚款的阴谋”时说：“美国这种以文化教育方式侵华的手段之毒辣阴险，远非大炮、军舰所能比拟。‘攻心为上’，美帝就是企图藉此在精神上来支配我们，影响我们，……使中国人民在不知不觉中对它发生好感，心甘情愿的受其统治与奴役。”
这显然是当时的主流话语，它虽然是特殊时代的产物，却为后来的教科书定下基调，从而影响了好几代人。直到80年代初，史学界才对这种说法做了一些修正。
把这么多志士仁人千辛万苦的努力，所达成的对苦难的中国人的善举，竟被为某种政治需要而妖魔化，这是很可悲的，也会让那些好心人为之心寒。
1924年，美国国会再次通过法案，批准向中国退还庚子赔款的剩余部分。当时顾维钧是北洋政府外交总长，他说：“1924年减免的数目为六百一十三万七千五百五十二元九角。关于这笔减免款项，中美签订的协议规定建立一个由十名中国人和五名美国人组成的联合董事会。美国政府指派哥伦比亚大学的孟禄教授前往北京，以便与中国政府制定和达成一项明确的协议。”
美国第二次退款的消息在中国知识界引起广泛关注。上海《民国日报》于1924年7月2日报道说：中国科学社、中国天文学会、远东生物学会、考古学会、中国地学会、中国地质学会、中国气象学会等“联合条陈北京政府及美使，请其补助专门学术之研究”。此外“武昌文华大学中外教员有设置图书馆之运动”，顾维钧和颜惠庆等人也想从这笔款项中为他们创办的华洋博物馆争取补助。
与此同时，由于英国、法国、日本、苏俄等国退还庚子赔款的意向已经十分明确，所以军阀政客们都想控制这些款项，其中又以吴佩孚修建铁路的设想最有代表性。吴的意思是先用这些钱修筑铁路，等到铁路修好以后，再用铁路赚来的钱兴办教育。这种思路与洋务运动简直是如出一辙，或者说一脉相承。
吴的说法遭到知识界的强烈反对。那年夏天，北京八所高校频频召开会议，并于8月1日发表声明，一方面向国际社会揭露吴佩孚的说法是“黩武殃民……与饱其私人之欲壑”的借口，另一方面向“全国父老兄弟姊妹”发出呼吁，要以拚死抗争的精神，把这些钱“用于吾国自主独立之教育及学术事业”。
在此之前，中国科学社也发表宣言，在谴责“彼军人官僚之筑路主张”的同时，还对这些款项的用途、管理提出具体意见，其中最重要的一点，就是要防止政治的干涉，以保证学术教育事业的独立。（同上，第597页）
在此期间，胡适与任鸿隽、杨杏佛、丁文江、朱经农等人曾在书信往来中讨论此事。任鸿隽说，“这个宣言的稿子是我草的”；杨杏佛则想让胡适“专为此事赴美一行，由社（引者按：指中国科学社）供给旅费。”
根据胡适日记保留的资料显示，1924年8月，著名的美国教育家孟禄，为此专程到达北京以后，“八校会议”推选许绳祖、马叙伦、查良钊、马名海为代表，在北京饭店与孟见面，了解他与中国政府接洽的真相以及他的态度。
孟回答说：“鄙人此次来华，不代表政府，系以国民资格非正式的促成美国退还庚款委员。”这里所谓“美国退还庚款委员”，就是后来成立的中基会董事。孟还说：“美政府对于该款之一切事项，始终抱不干涉主义，惟望中国能善用此款而已。故对于保管此款之委员，美国政府亦不愿参与，并不愿中国政府参与，甚愿中国国民主持此事。”这种“不干涉主义”和不愿政府参与、要由“国民主持”的主张，是现代社会的一个基本原则，是学术文化教育事业独立的必要条件。
然而当孟禄与我国各方面“接洽之后，对于委员产生之方法，不得不稍为变更。”这是为什么呢？他的回答是：“若令各团体推举，势必引起纠纷，不如悉由政府任命，事实上比较顺利。”没想到这个“稍为变更”，竟为后来埋下隐患。
对于中基会的成立，顾维钧也有比较详细的回忆。他说：“由于当时我是外交总长，所以我理应参与讨论此事。在这项工作中，我得到东南大学校长郭秉文博士的帮助。协议草案拟出以后，由我交内阁审议批准。内阁一致通过协议草案。按例行公事，协议草案又呈送总统，由总统明令公布。协议规定了董事会的组成。董事会成员由双方政府任命。我想，美方成员是由美国公使馆按美国政府的指令提名的。董事会的中方成员有：胡适博士、郭秉文博士、前清华校长周诒春博士和范源濂先生。我记不清蒋梦麟先生是否也是董事会的成员了。”
顾氏回忆与事实略有出入。根据中基会1925年第一次年会报告，这次退还庚子赔款的议案于1924年“通过美国议会两院，并表示此款当用以发展中国之教育及文化事业。同年九月，大总统令派颜惠庆、张伯苓、郭秉文、蒋梦麟、范源廉、黄炎培、顾维钧、周诒春、施肇基、孟禄、杜威、贝克、贝诺德、顾临为董事。十月三日，复令丁文江为董事，合成十五人之数。……于是中华教育文化基金董事会遂正式成立。”可见当时胡适并不在15名董事之内。
直到1927年6月29日，中基会在天津召开第三次年会，胡适和蔡元培才被选为董事。