1957年3月，吴晗成为中.共.党组织的一员。身份转变的他，积极投身党组织发动的各种运动。曾亲自主持对储安平的批斗，带头揭发批判罗隆基。
鉴于当时出现的各级官员虚报成绩的现象，当时的中.央最.高领.导人提出要学习明代著名清官海瑞“刚正不阿，直言敢谏”的精神。领.袖挥手吴晗马上前进，随即发表了《海瑞罢官》等作品。当时最.高领.导人对于这些作品大加赞许，并赠送亲笔签名的自己的“选集”给吴晗。吴晗也因此成为当时中国最出名的知识分子之一。
得意而有些忘形的吴晗，曾主动批判提携他的恩师胡适，公然说“胡适之做过我的老师，可没给过我什么，我有些知识，主要是靠自学"。旧友沈从文落难，在博物馆扫地，见到他，想着握手问寒，“哼”着一声，转头视而不见。
但是，就是他的那个秉承最.高领.导旨意的新编历史剧，给他招来杀身之祸。1965年11月10日的上海《文汇报》，突然抛出了一篇重磅批判文章——《评新编历史剧海瑞罢官》。文章的作者是姚.文.元。这也成为引爆大浩劫的导火线。不久，吴晗和邓拓、廖沫沙一同被打倒，并被定性为“三家村集团”。
1966年夏，吴晗被关进了监狱后，从精神到肉体惨遭摧残。吴晗的家人常常被“深夜里猛烈砸门声惊醒”，他的小儿子吴彰后来回忆说：“（我）老是吓得缩在妈妈怀里。他们翻过围墙，破门而入。整个院子贴满了‘绞死’、‘砸烂’的大标语。”不久，吴晗进了劳改队，“他的身上总是旧创未平，新伤又起”。
接下来，吴晗的家人也未能幸免。1968年4月，吴晗的妻子袁震也被送入劳改队。不久，在折磨下本来就身体欠佳的袁震，双腿瘫痪了。父母被双双关进监狱后，家里只靠年仅14岁的养女吴小彦支撑，独自承担起照顾弟弟吴彰的责任。
1969年3月18日，袁震被迫害致死。次日，11岁的吴彰跟着15岁的姐姐吴小彦去太平间看已于前一天去世的妈妈时，妈妈留给他们的最后形象是：“双眼半睁，面颊上还有几滴泪珠。”
就在袁震含冤去世半年后的1969年10月11日，吴晗被迫害致死。吴晗死前，头发被拔光，其骨灰至今下落不明。作为吴晗的养女，吴小彦饱受生活上的煎熬和精神上的摧残，最终走投无路，于1976年9月的一天，在精神病院自杀。
有一则流传广远的学林掌故说，1990年代前后，某次学术圏大佬们聚会，座间有人谈起吴晗全家的惨事。一向不问世事、沉默不语的钱钟书，忽然对着邻桌的费孝通大声说："你记得吗？吴晗在1957年时整起別人来，不也一样无情得很吗？”底下唏嘘一片。
或许，吴晗的悲剧在于丧失了知识分子独立的特点，丧失了历史学家的客观立场，学术为政治服务随波逐流。吴晗写的《朱元璋传》四易其稿，在1943年该书叫《由僧钵到皇权》是“影射史学”，60年代的《朱元璋传》又改成了“命题史学”，观点跟着形势走如何能做史学呢？
新中国成立后，吴晗以大学教授和文人身份成为北京市副市长，可是一个历史学家的副市长居然支持把北京的城墙、牌楼和部分寺庙、古建筑都给拆掉，直到今天人们也感到不可思议。吴晗还积极主持挖掘了明十三陵的定陵，造成了不可恢复的损失。吴晗对朋友检举，落井下石反戈一击，当年整人真的很无情。
在知识圈内说吴晗好话的不多，有人说是欺师灭祖、媚权、篡史等等。但也有人说，吴晗的悲剧不单纯是一个人的悲剧，而是一个时代的悲剧。吴晗太迷信，太听话，在历史大潮中迷失了自己。
吴晗承认胡适是老师，但是否认了胡适对自己的帮助，在当时的历史环境里这样说也是没有办法。1954年，胡适在大陆的许多弟子与友人都在批判胡适，包括胡适的亲密弟子罗尔纲，但吴晗却始终没写批判文章。罗尔纲认为吴晗没有写文章批判胡适是“为人忠厚诚笃的一种表现”。
吴晗虽然与恩师胡适早就划清界限，却没有上纲上线恶毒污蔑攻击。所以谢泳才说，“作为正直的知识分子，吴晗有过失误，有过政治迷失，但良心还在”。
在中国公学，被胡适特别青睐的还有文理学院的学生罗尔纲。其平时一点也不活跃，在校中无声无息。但他成绩优秀，得过学校首届奖学金，文化史的论文也作得也出众，但胡适慧眼识人。
1930年夏，罗尔纲要毕业了。毕业前夕，他给胡适写了一封信，请求他介绍工作。胡适便约请罗尔纲做家庭教师，并收他做“徒弟”。罗氏在胡家先后五年，除指导祖望、思杜兄弟俩读书外，又帮助抄录整理胡铁花先生的遗集，并在胡适的指导下研究史学。后来，罗尔纲写了一本《师门辱教记》的自传，记述这五年跟胡适做“徒弟”的生活，颇为亲切生动。
其中写道：“我一入师门，适之师就将‘不苟且’三字教训我，我以前谨遵师教。到了妻儿来北平后，为了要卖稿补助生活，一大部分文章不得不粗制滥作了。……至今想起来还是一件痛心的事。我十分惭愧，又十分感激，当我每次发表这种文章的时候，就得到适之师给我严切的教训。”
据罗尔纲所记，胡适对他的几次批评确是很严厉的，但严厉之中却也能给人以启迪；而对罗氏的成绩，胡适也多有称许和鼓励。罗尔纲后来研究史学颇有成就，尤为太平天国史的著名学者。他自己认为，跟胡适的指导与严格要求是分不开的。