编辑所的印刷、发行乃至于办公人员的伙食、种种开销，这些繁琐的事情蔡元培都得操心。到了过年时，蔡元培发现编辑所里的账上一分钱都没剩，只好向人借了一串珠子让同事拿到典当铺子去抵押换钱。结果，典当铺的老板说珠子是假的，只能当一元钱，让他大失所望。这样一来，大家也就只好不过年了。
但最让蔡元培着急的还是报纸的销路和影响力。为多卖报纸，他让一位工人老乡背着一面旗子，上面写着爱国标语，或画上爱国漫画，然后手里敲着一面小锣，带着报纸到街上叫卖。这种新奇的促销手段倒也有效，每天居然比平日能多卖出一二百份报纸。蔡元培非常高兴，用他家乡的绍兴话直夸这位工人：“真弗错气”(真不简单的意思)。
1903年夏，清政.府逮捕章太炎和邹容，查封《苏报》，制造了轰动一时的“《苏报》案”。
《苏报》聘请章太炎、蔡元培为撰稿人，报道各地学生的爱国运动。以后，《苏报》又陆续刊登了许多激烈地宣传革命的文章，旗帜更为鲜明。当时，邹容的《革命军》在上海出版，章太炎的《驳康有为论革命书》也公开发表。章太炎在《驳康有为论革命书》中，尖锐地批判了康有为的中国只能改良，不能革命的谬论，并把矛头直接指向清王朝光绪皇帝。这两篇极其犀利的革命文章问世之后，立即产生了很大的影响。《苏报》节录了《驳康有为论革命书》中，痛骂清朝统治者和揭露康有为改良主义奴颜婢膝的一段文字发表，并发表文章，介绍《革命军》的内容，向读者推荐《革命军》。
这些激烈的革命宣传和它所产生的影响，使清政.府感到极大的恐慌和震怒，清政.府采取镇压手段，下令封闭《苏报》，逮捕章太炎、邹容等人。
由于《苏报》社设在租界内，清政府便请求帝国主义帮助镇压。1903年6月29日，清政府勾结上海公共租界工部局，查封了《苏报》，逮捕了章太炎。邹容激于义愤，自动投案。章太炎、邹容在会审的时候慷慨陈词，坚持斗争，使《苏报》案成为当时轰动国内外的政治事件。最后，租界法庭判决章太炎3年徒刑，邹容2年徒刑，并禁止中国人在租界内办报纸宣传革命和出版革命书籍。
章太炎、邹容在监狱中，仍然坚持斗争。章太炎在狱中写了《答新闻报记者问》，在这篇文章中满怀信心地说：“四万万人民都会同情我们，而公理一定会战胜的”。他在狱中还参与组织江浙革命组织“光复会”的筹划工作。邹容在监狱生活的折磨下，不幸病故，年仅21岁。1906年章太炎刑满出狱。
蔡元培不顾个人安危，每月都到监狱去探望邹容和章太炎。邹容在监狱病死，悲痛的蔡元培积极参与办理他的丧事、举行追悼大会。
必须指出的是，《苏报》案在对人的查办上还是很宽容的。在结案过程中仅以文字为根据，就可以使涉案人员大大减少。而因为在定案中有一句“不涉孑民”，而使蔡元培能够幸免于难。如果说两江总督魏光寿面对革命活动“行同聋聩”还属某种疏忽，但奉命赴沪查办此案的江苏候补道俞明震，则明显的力求大事化小，网开一面。
王朝末路，带着花岗岩脑袋去见上帝的人，总是极少数。
那时，有个叫沈荩的爱国志士因发布清廷和俄国人勾结的消息，被清廷逮捕，用竹鞭打得全身血肉横飞，最后刽子手用绳索将其勒死。
消息传出，上海的革命志士异常悲愤，在愚园举行追悼会。蔡元培当众演说，痛骂清朝廷政治暴虐、蔑视人权，听众闻言而感，全都流下了热泪。
但是，与同时代的革命党人相比，蔡元培要站得高些，看得远些。
当民族革命被推向最高潮时，“誓杀尽鞑虏，流血满地球”的激烈言论成了革命党人中的一种主旋律，尤以邹容的《革命军》为代表。就在这时，蔡元培在《苏报》上发表了《释仇满》一文，对民族革命的狂热主张提出批评。
他在文中言道：“满人之血统久已与汉族混合，其语言及文字，亦已为汉语汉文所淘汰。所可为满人标识者，惟其世袭爵位及不营实业而坐食之特权耳。苟满人自觉，能放弃其特权，则汉人决无仇杀满人之必要。”
他甚至深刻指出：“近日纷纷仇满之论，皆政略之争，而非种族之争。”批评那种“无满不仇，无汉不亲；事之有利于满人者，虽善亦恶；事之有利于汉人者，虽凶亦吉”是狭隘偏执的“种族之见”。坚信“世运所趋，非以多数幸福为目的者，无成立之理；凡少数特权，未有不摧败者……民权之趋势，若决江河，沛然莫御”。
自从满人入关建立清朝统治以后，从开始的“反清复明”，到后来的“驱逐鞑虏”，无不把推翻满族的统治，恢复汉室江山作为口号和目标的。固然，这可以迎合很多人的狭隘民族情结，但是，革命党人的革命，是推翻封建专制的革命，不应该是那类似反清复明之类的，用汉族的专制代替满请的专制的维持封建专制的革命。
我们这个国家，有那么多民族，为什么一定是要汉族人居于统治地位呢？
中国历史的多数时间里，只有元朝和清朝是兄弟民族占据统治地位，其余大多数时间，都是汉族统治者发号司令。
如果说谁对不起谁，应该是汉族人说声对不起，把兄弟民族都赶到了边远的不毛之地。其实，所有的封建王朝，无论是汉人还是蒙人和满人，其实都不是民族对民族的统治。或许，占据统治地位的民族可能会享有某些特权。但总的说来，是统治者对被统治者的统治。也就是说，即便是汉族人居于统治地位，绝大多数的汉族人也是被统治者。
后来，革命党人还是逐渐认识到了自己的狭隘民族思想，用五族共和，取代了“驱逐鞑虏”，??五族共和其实就是各民族的共和，只是那时，大家还不知道中国有五十六个民族，以为只有五个民族。